La RNC du Boundou regroupe 18 villages et 3 hameaux, d’ethnie Peul ou Diakhanke. Les plus grands villages, tels que Koussan, Toumboura, Sansanding et Talibadji, comptent un millier d’habitants. Les hameaux, qui dépendent des villages les plus proches, peuvent n’abriter qu’une seule famille, comme à Mbakiri.
On estime la population totale de la RNC à 6000 habitants en 2010.
Les villages sont principalement en périphérie, à l’exception de Didé Gassama et Bancouba, situés en plein cœur de la réserve. Les villageois poursuivent leurs activités dans la réserve, mais respectent un code local de bonne conduite afin de préserver les ressources naturelles et protéger les espèces menacées.