La RNC du Boundou se situe dans la zone de transition climatique soudano-sahélienne, caractérisée par l’alternance d’une courte saison des pluies ou « hivernage » (de juillet à octobre) et d’une longue saison sèche (de novembre à juin).
Le type de paysage est une mosaïque de savanes arbustives, herbeuses et boisées, ainsi que quelques galeries forestières autour des points d’eau temporaires.
Au total, 111 espèces appartenant à 75 genres différents sont dénombrées dans la réserve, dont la plupart sont très utilisées comme bois d’œuvre ou de service, ou bien pour l’alimentation et la pharmacopée traditionnelle. Cependant, de nombreuses espèces autrefois utiles ont, d’après les populations, disparues (ou quasi-disparues) de la zone, comme le néré, le fromager ou encore le bambou. Les nombreuses pressions subies par la végétation (coupes, feux, sécheresse) provoquent un changement dans la composition des habitats, au bénéfice des espèces les moins exigeantes comme les combrétacées, qui aujourd’hui dominent toutes la zone.
La strate arbusive est composée de nombreuses espèces, dont plus d’une vingtaine sont menacées, en particulier en raison des sécheresses des dernières années et de leur surexploitation. Il s’agit majoritairement d’espècesd’acacias (Acacia nilotica, Acacia senegal, Acacia sieberiana…) et de celtis (Celtis integrifolia…)
Parmi les espèces caractéristiques de la strate arborée, on peut noter les baobabs et les palmiers-rôniers.
Le Baobab (Adansonia digitata) est l’arbre le plus caractéristique de la réserve : ses fruits sont exploités en février pour l’alimentation humaine, son écorce est utilisée en pharmacopée traditionnelle ou pour faire des cordages ou des couvertures végétales (haies, toitures…), et son feuillage est parfois coupé par les transhumants quand il commence à verdir, à la fin de la saison sèche, pour nourrir les troupeaux. Heureusement, son bois spongieux le préserve de la hache des bucherons, qui ne l’utilise ni pour l’ameublement ni pour le feu. Ses cavités nombreuses et sa grande longévité en fond également un arbre vivement apprécié par la faune, qui y trouve refuge, alimentation, et eau stockée durant les premiers mois de l’été. Par endroit, il peut constituer de véritables forêts.
Le Palmier-rônier (Borassus aethiopum) est également bien présent dans la réserve. Il pousse généralement à proximité des mares et plans d’eau. Il est sérieusement menacé par le pâturage, les jeunes pousses étant broutées par les herbivores et la population, qui consomme ses racines sous le nom de chou palmiste. Les rares individus qui parviennent à se développer son ensuite exploités pour leurs feuilles (contruction d’abris, de toitures…) et leur tronc (fabrication de planches).
La flore herbacée n’a pas encore fait l’objet d’inventaire complet. Néanmoins, elle comprend un panel varié d’espèce, lié à la diversité des habitats.
On peut retenir en particulier l’existence dans la réserve de la Glorieuse de Malabar (Gloriosa superba). Cette espèce, à la répartition très large (Afrique, Inde, Asie du Sud-Est) est localement menacée du fait de l’exploitation de ses bulbes à des fins thérapeutiques.