Comme toute Réserve Naturelle, la RNC du Boundou est dotée d’un plan de gestion, qui vise à définir les grandes lignes de la gestion de la réserve. C’est un outil indispensable au gestionnaire. Pour la première foi établi sur dix ans, il répertorie les différents objectifs à atteindre sur la période et les opérations à mettre en place pour les atteindre.
Le plan de gestion de la RNC s’articule autour de quatre enjeux de préservation et de développement local présentés dans le tableau ci-dessous.
| Enjeux | Objectif à long terme |
| Les zones humides et les milieux associés | Améliorer l’état de conservation et la diversité dans les zones humides et les milieux associés |
| Les écosystèmes de savanes arbustives et les forêts de baobab | Maintenir la diversité et l’état de conservation des écosystèmes de savanes arbustives et les forêts de baobab |
| L’accès à certains services sociaux essentiels | Améliorer l’accès équitable aux services sociaux essentiels de l’éducation, de l’eau, hygiène, assainissement |
| La vulnérabilité des communautés et les changements globaux | Renforcer la résilience des communautés face aux changements globaux |
Les plans de gestion de la réserve sont disponibles ici, dans leur intégralité.